Quỹ Phát triển đất thành phố là tổ chức tài chính nhà nước, hoạt động theo nguyên tắc bảo toàn vốn, bù đắp chi phí phát sinh trong quá trình hoạt động và không vì mục đích lợi nhuận; có tư cách pháp nhân, hạch toán độc lập, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và các tổ chức tín dụng để hoạt động theo quy định của pháp luật.

Bộ máy quản lý và điều hành của Quỹ gồm Hội đồng quản lý, Ban Kiểm soát và Ban Điều hành. Nguồn vốn của Quỹ là 3.000 tỷ đồng. Việc thay đổi mức vốn ngân sách thành phố cấp trong quá trình hoạt động do UBND TPHCM xem xét, quyết định, trên cơ sở đề nghị của Chủ tịch Hội đồng quản trị.

Quỹ là một định chế tài chính, không trực tiếp thực hiện công tác bồi thường giải phóng mặt bằng hoặc tạo quỹ đất để đấu giá, hoạt động theo mô hình ủy thác cho Công ty Đầu tư Tài chính nhà nước thành phố. Quỹ sử dụng bộ máy, nhân sự của Công ty Đầu tư Tài chính nhà nước thành phố để điều hành và quản lý có hiệu quả hoạt động nghiệp vụ của Quỹ, có sự kiểm tra giám sát của Hội đồng Quản lý Quỹ.

Quỹ có chức năng nhận vốn từ nguồn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, tiền thu từ đấu giá quyền sử dụng đất, các khoản ngân sách thành phố đã tạm ứng cho công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng và tái định cư và huy động các nguồn khác theo quy định để ứng vốn trong lĩnh vực bồi thường, hỗ trợ và tái định cư; tạo quỹ đất và phát triển quỹ đất phục vụ phát triển kinh tế - xã hội của thành phố.